Tiếp theo thành công của nền Java, thuật ngữ phần mềm máy chủ ứng dụng đôi khi được dùng để chỉ Java Platform—Enterprise Edition (J2EE) hay Java EE 5 application server. Một số Phần mềm máy chủ ứng dụng Java phiên bản Enterprise nổi tiếng là WebLogic Server (BEA), JBoss (Red Hat), WebSphere Application Server và WebSphere Application Server Community Edition (IBM), JRun (Adobe), Apache Geronimo (Apache Software Foundation), Oracle OC4J (Oracle Corporation), Sun Java System Application Server (Sun Microsystems), SAP Web Application Server và Glassfish Application Server (dựa trên Java System Application Server của SUN).

JOnAS application server là phần mềm máy chủ ứng dụng mã nguồn mở đầu tiên đạt được chúng chỉ chính thức về tuân thủ các chuẩn Java Enterprise. BEA cung cấp phần mềm máy chủ ứng dụng được Java EE xác nhận đầu tiên và tiếp theo là triển kai tham chiếu GlassFish của Sun Microsystems.

Module Web modules là servlets và JavaServer Pages, và logic kinh doanh được xây dựng trong Enterprise JavaBeans (EJB-3 và các phiên bản tiếp theo). Dự án Hibernate cho phép triển khai EJB-3 cho JBoss Application server. Tomcat của Apache và JOnAS của ObjectWeb là các nền mà các module này có thể được chạy.

Java Server Page (JSP) là một servlet từ Java chạy các Web container—thuật ngữ của java tương đương với CGI scripts. JSP là một cách để tạo trang HTML thông qua việc chèn các tham chiếu tới logic của máy chủ trong cùng trang web. Các nhà lập trình HTML và Java có thể làm việc đồng thời và tham chiếu mã lệnh của nhau từ mã lệnh của mình. JavaBeans là các cấu phần lớp độc lập của kiến trúc Java do Sun Microsystems xây dựng.

Các phần mềm máy chủ ứng dụng nêu tren chủ yếu phục vụ các ứng dụng Web. Một số phần mềm máy chủ ứng dụng khác phục vụ các mạng khác. Ví dụ Máy chủ SIP (Session Initiated Protocol) phục vụ các mạng thoại (telephone)